A Pró-Reitoria de Administração é o órgão que superintende e coordena os serviços da Universidade. Supervisiona a administração financeira, patrimonial e de recursos humanos. Tem como atribuições, entre outras, elaborar o orçamento anual e acompanhar sua execução, promover o aperfeiçoamento do corpo técnico administrativo, avaliar previsões orçamentárias de cursos, convênios e outros serviços, supervisionar e coordenar os órgãos responsáveis pela implantação, reforma, manutenção e ocupação da infra-estrutura da Universidade. Tem como órgãos de apoio a Gerência Administrativa, que supervisiona Prefeitura Universitária, Setor de Compras e Almoxarifado, a Gerência de Recursos Humanos, a Gerência Financeira, que tem sob sua supervisão a Contabilidade, Tesouraria e Setor Financeiro Acadêmico e a Gerência de Tecnologia da Informação e Telecomunicação, que coordena as áreas de informática e telefonia. Integram ainda a PROAF a Divisão de Obras, a Gráfica, o Hospital São Lucas, o Colégio Champagnat e o LABELO.
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